首个园艺类作物全基因组变异数据库发布

本报讯 近日,《园艺研究》(Horticulture Research)在线发表了中国农业科学院柑桔研究所构建完成的柑桔全基因组变异数据库CitGVD(http://citgvd.cric.cn/home),这是第一个园艺类作物全基因组变异数据库。

柑桔是全世界最重要的商业水果作物之一。当前,柑桔类物种的大量基因组重测序数据涌现,可被用来评估种质遗传关系和开发分子标记,以期服务于柑桔分子育种和全基因组选择辅助育种。为方便访问、利用和分享这些数据,国家柑桔品种改良中心研究员陈善春团队开发了一个基于Web的数据库,即柑桔基因组变异数据库。

据悉,这是第一个针对柑桔且专用于全基因组变异数据和分析的专业数据库,其中变异数据包括单核苷酸多态性(SNP)和插入缺失(INDEL)。CitGVD V1.0包含了来自内部测序项目和公共资源的346个种质的1493258964个高质量基因组变异位点和84个表型数据。

CitGVD集成了基因组变异位点注释、相关基因注释以及有关种质的详细信息,并集成了多种内置工具来进行数据访问和深入分析。这些功能使CitGVD成为柑桔相关研究的综合Web门户和生物信息学平台,也为构建其他农作物的全基因组变异数据平台提供了范例。(李晨)

相关论文信息:https://doi.org/10.1038/s41438-019-0234-3

(来源:中国科学报)