本报讯 湖北省农科院研究团队日前在《园艺研究》在线发表论文。该研究利用作者前期开发的基因组注释流程,结合Illumina和PacBio全长转录组测序技术的优势,对栽培草莓的基因组进行重注释,显著提升了栽培草莓基因组注释的完整度和准确度,获得栽培草莓基因组注释新版本v1.0.a2。
新的基因组注释(v1.0.a2)总共包含108447个蛋白编码基因,BUSCOs评估基因组完整度达到97.85%。
与(v1.0.a1)注释相比较,v1.0.a2注释新增了360个新基因,提升了19174个基因的结构,还为11044个基因添加了转录本信息,并且搭建了草莓基因组数据库。同时,该研究还重新分析了草莓果实发育不同时期的转录组数据,为草莓果实发育提供了有力的支撑。
综上,该研究利用Illumina和PacBio测序技术对栽培草莓基因组进行重注释,获得了高质量的基因组注释,为草莓的遗传改良以及蔷薇科植物的比较基因组学研究提供了重要的资源。 (王方)
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https://doi.org/10.1038/s41438-021-00476-4