获得高质量帝王蟹基因组图谱

本报讯(记者李晨)近日,《分子生态资源》发表了首个歪尾类螃蟹的高质量基因组图谱,即一种重要经济蟹类——蓝帝王蟹的基因组。

由于帝王蟹具有重要的经济价值、较高的繁殖率、独特的身体结构和很强的深海适应能力,以及在蟹类进化上特殊的系统学位置,长期以来一直是学术界关注的重点,很多问题的研究迫切需要在基因组层面开展。为此盐城师范学院江苏省盐土生物资源研究重点实验室教授唐伯平团队牵头与境内外多家科研院所和高校合作,共同开展了蓝帝王蟹的基因组研究。

该团队发表的蓝帝王蟹基因组是目前蟹类中最大的基因组,其大小为4.77G。他们同时获得了蓝帝王蟹高质量的染色体图谱,其染色体数目为208条,是目前甲壳动物中解析出染色体数量最多的物种。其N50为51.15M,充分说明这是一高质量的基因组数据。

课题组还专门探讨了帝王蟹如此巨大的基因组形成的原因。研究表明,大量重复序列的插入,特别是长分散元件和长串联重复序列插入,是形成帝王蟹大基因组的主要原因。

依据已经发表的全基因组数据开展泛甲壳动物(甲壳动物和昆虫)的系统进化研究表明,歪尾蟹类(帝王蟹)和短尾蟹类(河蟹和梭子蟹)亲缘关系最近,其分化时期为距今2.7亿年前的二叠纪晚期。

研究表明,帝王蟹种群在历史上经历了十分明显的种群衰退和种群扩张过程。目前如此巨大的帝王蟹种群是10万年前种群扩张的结果。

高质量帝王蟹基因组染色体图谱的成功破译,将极大地促进甲壳动物的基础研究以及蟹类育种、养殖和疾病防控研究的发展。

相关论文信息:https://doi.org/10.1111/1755-0998.13266