美国华盛顿大学西雅图分校Jay Shendure等研究人员揭示了先导编辑的染色质背景依赖性调控和表观遗传操控。相关论文近日在线发表于《细胞》。
研究人员致力于详尽描述顺式染色质环境对基因组工程精确工具（先导编辑）的影响。他们使用一种高灵敏度的方法绘制了随机整合报告的基因组位置图，发现了巨大的位置效应，例如，对于相同的目标位点和编辑，编辑效率从0%到94%不等。染色质标记可以很好地预测位置对先导编辑效率的影响。
接下来，研究人员开发了一个多重扰动框架，以评估反式作用因子与顺式染色质环境对编辑结果的相互作用。将这一框架应用于DNA修复因子，研究人员发现HLTF是先导编辑的环境依赖性抑制因子。
最后，一些证据表明，活跃的转录伸长会增强先导编辑。与此相一致，该研究表明，在先导编辑之前，通过CRISPR介导的沉默或激活，可以分别有力降低或提高先导编辑的效率。
相关论文信息：
https://doi.org/10.1016/j.cell.2024.03.020